Nach dem Ende des Krieges begann der schrittweise Wiederaufbau der Stadt und des Erdölraffineriekomplexes. Es erwies sich jedoch als schwierig, Abadan seine frühere Rolle zurückzugeben. Zum Zeitpunkt des Abschlusses des Wiederaufbaus der Erdölinfrastruktur waren einige Funktionen bereits auf andere Energiezentren des Landes verteilt worden. Die wirtschaftliche Bedeutung der Stadt nahm ab, und Versuche, sie als bedeutendes Handels- und Industriezentrum wiederzubeleben, stießen auf ernsthafte Schwierigkeiten.

Die Koordinierung des in drei Phasen unterteilten Projekts zum Wiederaufbau der Abadan-Raffinerie erfolgte durch das staatliche Unternehmen NIOC. Der Prozess zog sich über viele Jahre hin. In der ersten Phase lag der Schwerpunkt auf dem Wiederaufbau der grundlegenden Infrastruktur: Räumung des Geländes von zerstörten Strukturen, Reparatur von Pipelines, Wiederherstellung der Energieversorgungssysteme und Rekonstruktion der Hafenanlagen. Ohne die Lösung dieser Aufgaben war selbst eine teilweise Wiederaufnahme der Erdölverarbeitung unmöglich. Gleichzeitig wurde der Zustand der technologischen Ausrüstung bewertet. Viele Crack-, Destillations- und Reinigungsanlagen waren entweder zerstört oder schwer beschädigt. Ein Teil der Ausrüstung musste vollständig ersetzt werden. Unter den Bedingungen internationaler Beschränkungen und Sanktionen musste der Iran alternative Wege für den Kauf von Ausrüstung suchen oder eigene technische Lösungen entwickeln. Dies förderte die Entwicklung der nationalen petrochemischen und maschinenbaulichen Industrie. Der ersten Phase des Wiederaufbaus der Raffinerie ist die Gedenkmarke von 1989 gewidmet, auf der die Anlage wie ein Phönix aus der Asche aufersteht.

Anfang der 1990er Jahre konnten die ersten wiederhergestellten Produktionslinien in Betrieb genommen werden. Die Produktionskapazität der Anlage stieg allmählich, obwohl es sehr lange dauerte, sie auf das Vorkriegsniveau zu bringen. Die Hauptaufgabe in dieser Zeit war die Versorgung des Inlandsmarktes mit Treibstoff. Angesichts des Bevölkerungswachstums und der wirtschaftlichen Entwicklung benötigte der Iran erhebliche Mengen an Benzin, Diesel und anderen Erdölprodukten. Daher wurde der Wiederaufbau der Abadan-Raffinerie nicht nur als wirtschaftliche Aufgabe, sondern auch als Frage der Energiesicherheit des Landes betrachtet.

In den folgenden Jahren gingen die Wiederaufbauarbeiten allmählich von der Notfallreparatur zur Modernisierung über. Viele technologische Anlagen wurden durch modernere ersetzt. Insbesondere wurden die Anlagen zur atmosphärischen und Vakuumdestillation, die Hydrotreating-Systeme und die Benzinproduktion rekonstruiert. Diese Änderungen ermöglichten eine Verbesserung der Kraftstoffqualität und eine Erhöhung der Verarbeitungstiefe.

Parallel dazu wurde die städtische Infrastruktur von Abadan wiederhergestellt. Während des Krieges hatte ein Großteil der Bevölkerung die Stadt verlassen, und viele Wohngebiete waren zerstört worden. Die Rückkehr der Bewohner und die Wiederaufnahme des normalen städtischen Lebens erfolgten schrittweise. Der Wiederaufbau der Erdölraffinerie spielte eine wichtige Rolle bei der wirtschaftlichen Wiederbelebung der Region, da das Unternehmen wieder zu einem großen Arbeitgeber und Zentrum industrieller Aktivität wurde.

Bis Ende der 1990er Jahre erreichte die Kapazität der Abadan-Raffinerie immer noch nicht das Vorkriegsniveau, aber die Anlage wurde wieder zu einem der größten Verarbeitungsbetriebe im Nahen Osten. In den folgenden Jahrzehnten wurde die Modernisierung fortgesetzt. Einer der vorrangigen Bereiche war die Verbesserung der Umweltverträglichkeit der Kraftstoffe und die Reduzierung des Schwefelgehalts in den Erdölprodukten.