La película se filmó en París, Washington D.C., Los Ángeles, Praga y varias ciudades de la República Checa. 

Ubicaciones de rodaje:

La Casa Blanca

En la película

Escena donde le informan al Presidente de EE.UU. que terroristas han capturado ojivas secretas.

En la realidad

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La escena se filmó en la Casa Blanca real en Washington D.C., el ángulo se eligió desde el lado norte del edificio.

Laboratorios DeCobray

En la película

Escena donde G.I. Joe llega a los laboratorios DeCobray.

En la realidad

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La escena se filmó en Francia, en París, en la Avenida del Mariscal Gallieni. Al fondo se puede ver el techo de un gran palacio, ubicado al otro lado del Puente Alejandro III.

Serpiente sobre el coche

En la película

Escena donde Snake Eyes intenta mantenerse sobre el techo de un Hummer terrorista.

En la realidad

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La escena se filmó cerca del Arco de Triunfo, París, Francia.