Después del fin de la guerra, comenzó la restauración gradual de la ciudad y del complejo de refinación de petróleo. Sin embargo, recuperar el antiguo papel de Abadán resultó difícil. Para cuando se completó la restauración de la infraestructura petrolera, parte de las funciones ya se habían redistribuido entre otros centros energéticos del país. La importancia económica de la ciudad disminuyó, y los intentos de revivirla como un importante centro comercial e industrial enfrentaron serias dificultades.

La coordinación del proyecto de restauración de la refinería de Abadán, dividido en tres etapas, estuvo a cargo de la empresa estatal NIOC. El proceso se prolongó durante muchos años. En la primera etapa, la atención principal se centró en restaurar la infraestructura básica: limpiar el terreno de estructuras destruidas, reparar tuberías, restaurar los sistemas de suministro de energía y reconstruir las instalaciones portuarias. Sin resolver estas tareas, era imposible incluso una reanudación parcial del procesamiento de petróleo. Simultáneamente, se evaluó el estado del equipo tecnológico. Muchas unidades de craqueo, destilación y purificación de petróleo resultaron destruidas o gravemente dañadas. Parte del equipo tuvo que ser reemplazado por completo. Bajo condiciones de restricciones internacionales y sanciones, Irán tuvo que buscar formas alternativas de comprar equipos o desarrollar sus propias soluciones de ingeniería. Esto estimuló el desarrollo de la industria petroquímica y de maquinaria nacional. Es a la primera etapa de restauración de la refinería a la que está dedicado el sello conmemorativo de 1989, en el que la planta, como el ave Fénix, resurge de las cenizas.

A principios de la década de 1990, se lograron poner en marcha las primeras líneas tecnológicas restauradas. La capacidad de producción de la planta aumentó gradualmente, aunque elevarla al nivel anterior a la guerra fue muy difícil durante mucho tiempo. La tarea principal en este período fue abastecer de combustible al mercado interno. En condiciones de crecimiento demográfico y económico, Irán necesitaba volúmenes significativos de gasolina, diésel y otros productos derivados del petróleo. Por lo tanto, la restauración de la refinería de Abadán se consideró no solo como una tarea económica, sino también como una cuestión de seguridad energética del país.

En los años siguientes, los trabajos de restauración pasaron gradualmente de reparaciones de emergencia a modernización. Muchas instalaciones tecnológicas fueron reemplazadas por otras más modernas. En particular, se llevó a cabo la reconstrucción de las unidades de destilación atmosférica y al vacío, los sistemas de hidrotratamiento y la producción de gasolina. Estos cambios permitieron mejorar la calidad del combustible y aumentar la profundidad del procesamiento del petróleo.

Paralelamente, se llevó a cabo la restauración de la infraestructura urbana de Abadán. Durante los años de la guerra, una parte significativa de la población abandonó la ciudad y muchas zonas residenciales fueron destruidas. El regreso de los residentes y la reanudación de la vida urbana normal se produjeron gradualmente. La restauración de la refinería desempeñó un papel importante en la reactivación económica de la región, ya que la empresa volvió a ser un importante empleador y centro de actividad industrial.

A finales de la década de 1990, la capacidad de la refinería de Abadán aún no alcanzaba el nivel anterior a la guerra, pero la planta volvió a ser una de las mayores empresas de procesamiento de Oriente Medio. En las décadas siguientes, la modernización continuó. Una de las prioridades fue mejorar las características ecológicas del combustible y reducir el contenido de azufre en los productos derivados del petróleo.