Le film a été tourné à Paris, Washington, Los Angeles, Prague et dans plusieurs villes de République tchèque. 

Lieux de tournage :

Maison-Blanche

Au cinéma

Scène où le président des États-Unis apprend que des terroristes ont saisi des ogives secrètes.

Dans la réalité

La scène a été tournée devant la véritable Maison-Blanche à Washington, l'angle choisi étant le côté nord du bâtiment.

Laboratoires DeCobray

Au cinéma

Scène où G.I. Joe arrive aux laboratoires DeCobray.

Dans la réalité

La scène a été tournée en France, à Paris, avenue du Maréchal Gallieni. En arrière-plan, on aperçoit le toit d'un grand palais situé de l'autre côté du pont Alexandre III.

Serpent sur la voiture

Au cinéma

Scène où Snake Eyes tente de se maintenir sur le toit du Hummer des terroristes.

Dans la réalité

La scène a été tournée près de l'Arc de Triomphe, Paris, France.