Setelah perang berakhir, pemulihan kota dan kompleks kilang minyak secara bertahap dimulai. Namun, mengembalikan peran Abadan sebelumnya terbukti sulit. Pada saat pemulihan infrastruktur minyak selesai, beberapa fungsi telah didistribusikan kembali ke pusat energi lain di negara itu. Signifikansi ekonomi kota menurun, dan upaya untuk menghidupkannya kembali sebagai pusat perdagangan dan industri besar menghadapi kesulitan serius.

Koordinasi proyek pemulihan Kilang Abadan yang dibagi menjadi tiga tahap dilakukan oleh perusahaan negara NIOC. Prosesnya berlangsung selama bertahun-tahun. Pada tahap pertama, fokus utama adalah pada pemulihan infrastruktur dasar: membersihkan area dari struktur yang hancur, memperbaiki pipa, memulihkan sistem pasokan energi, dan merekonstruksi fasilitas pelabuhan. Tanpa menyelesaikan tugas-tugas ini, bahkan pemulihan sebagian pengolahan minyak tidak mungkin dilakukan. Bersamaan dengan itu, dilakukan penilaian kondisi peralatan teknologi. Banyak unit cracking, distilasi, dan pemurnian minyak hancur atau rusak parah. Beberapa peralatan harus diganti seluruhnya. Dalam kondisi pembatasan dan sanksi internasional, Iran harus mencari cara alternatif untuk membeli peralatan atau mengembangkan solusi teknik sendiri. Hal ini mendorong pengembangan industri petrokimia dan permesinan nasional. Tahap pertama pemulihan kilang inilah yang didedikasikan pada prangko peringatan tahun 1989, di mana pabrik tersebut, seperti burung Phoenix, bangkit dari abu.

Pada awal 1990-an, jalur produksi pertama yang dipulihkan berhasil dioperasikan. Kapasitas produksi pabrik secara bertahap meningkat, meskipun untuk waktu yang lama tidak dapat mencapai tingkat sebelum perang. Tugas utama selama periode ini adalah memasok pasar domestik dengan bahan bakar. Dengan pertumbuhan populasi dan ekonomi, Iran membutuhkan volume besar bensin, solar, dan produk minyak lainnya. Oleh karena itu, pemulihan Kilang Abadan dipandang tidak hanya sebagai tugas ekonomi, tetapi juga sebagai masalah keamanan energi negara.

Pada tahun-tahun berikutnya, pekerjaan pemulihan secara bertahap beralih dari perbaikan darurat ke modernisasi. Banyak unit teknologi diganti dengan yang lebih modern. Secara khusus, rekonstruksi unit distilasi atmosferik dan vakum, sistem hydrotreating, dan produksi bensin dilakukan. Perubahan ini memungkinkan peningkatan kualitas bahan bakar dan meningkatkan kedalaman pengolahan minyak.

Secara paralel, pemulihan infrastruktur kota Abadan dilakukan. Selama perang, sebagian besar penduduk meninggalkan kota, dan banyak daerah perumahan hancur. Kembalinya penduduk dan pemulihan kehidupan kota normal terjadi secara bertahap. Pemulihan kilang minyak memainkan peran penting dalam revitalisasi ekonomi wilayah tersebut, karena perusahaan kembali menjadi pemberi kerja utama dan pusat aktivitas industri.

Pada akhir 1990-an, kapasitas Kilang Abadan masih belum mencapai tingkat sebelum perang, tetapi pabrik tersebut kembali menjadi salah satu perusahaan pengolahan terbesar di Timur Tengah. Dalam dekade-dekade berikutnya, modernisasi berlanjut. Salah satu prioritasnya adalah meningkatkan karakteristik lingkungan bahan bakar dan mengurangi kandungan sulfur dalam produk minyak.