O filme foi filmado em Paris, Washington, Los Angeles, Praga e várias cidades da República Tcheca. 

Locais de filmagem:

Casa Branca

No filme

Cena onde o Presidente dos EUA é informado de que terroristas capturaram ogivas secretas.

Na realidade

A cena foi filmada na Casa Branca real em Washington, o ângulo foi escolhido do lado norte do edifício.

Laboratórios DeCobray

No filme

Cena onde G.I. Joe chega aos laboratórios DeCobray.

Na realidade

A cena foi filmada na França, em Paris, na Avenida du Maréchal Gallieni. Ao fundo, pode-se ver o telhado de um grande palácio, localizado do outro lado da Ponte Alexandre III.

Cobra no carro

No filme

Cena onde Snake tenta se segurar no teto de um Hummer dos terroristas.

Na realidade

A cena foi filmada no Arco do Triunfo, Paris, França.