Após o fim da guerra, começou a reconstrução gradual da cidade e do complexo de refino de petróleo. No entanto, restaurar o antigo papel de Abadan não foi fácil. Quando a infraestrutura petrolífera foi concluída, parte das funções já havia sido redistribuída entre outros centros energéticos do país. A importância econômica da cidade diminuiu, e as tentativas de revitalizá-la como um grande centro comercial e industrial enfrentaram sérias dificuldades.

A coordenação do projeto de reconstrução da Refinaria de Abadan, dividido em três etapas, foi realizada pela empresa estatal NIOC. O processo se estendeu por muitos anos. Na primeira etapa, o foco principal foi a restauração da infraestrutura básica: limpeza do terreno de estruturas destruídas, reparo de dutos, restauração dos sistemas de fornecimento de energia e reconstrução das instalações portuárias. Sem resolver essas tarefas, era impossível retomar parcialmente o refino de petróleo. Simultaneamente, foi realizada uma avaliação do estado dos equipamentos tecnológicos. Muitas unidades de craqueamento, destilação e purificação de petróleo foram destruídas ou seriamente danificadas. Parte do equipamento teve que ser completamente substituída. Sob condições de restrições e sanções internacionais, o Irã teve que buscar formas alternativas de adquirir equipamentos ou desenvolver suas próprias soluções de engenharia. Isso estimulou o desenvolvimento da indústria petroquímica e de máquinas nacional. É à primeira etapa da reconstrução da refinaria que é dedicado o selo comemorativo de 1989, no qual a fábrica, como a Fênix, renasce das cinzas.

No início dos anos 1990, as primeiras linhas de produção restauradas foram colocadas em operação. A capacidade de produção da fábrica aumentou gradualmente, embora elevá-la ao nível pré-guerra tenha levado muito tempo. A principal tarefa nesse período era abastecer o mercado interno com combustível. Com o crescimento populacional e econômico, o Irã precisava de volumes significativos de gasolina, diesel e outros derivados de petróleo. Portanto, a reconstrução da Refinaria de Abadan foi vista não apenas como uma tarefa econômica, mas também como uma questão de segurança energética do país.

Nos anos seguintes, os trabalhos de reconstrução passaram gradualmente de reparos emergenciais para modernização. Muitas unidades tecnológicas foram substituídas por outras mais modernas. Em particular, foram realizadas reconstruções das unidades de destilação atmosférica e a vácuo, sistemas de hidrotratamento e produção de gasolina. Essas mudanças permitiram melhorar a qualidade do combustível e aumentar a profundidade do refino de petróleo.

Paralelamente, ocorreu a reconstrução da infraestrutura urbana de Abadan. Durante a guerra, grande parte da população deixou a cidade e muitas áreas residenciais foram destruídas. O retorno dos moradores e a retomada da vida urbana normal ocorreram gradualmente. A reconstrução da refinaria desempenhou um papel importante na revitalização econômica da região, pois a empresa voltou a ser um grande empregador e centro de atividade industrial.

No final dos anos 1990, a capacidade da Refinaria de Abadan ainda não havia atingido o nível pré-guerra, mas a fábrica voltou a ser uma das maiores refinarias do Oriente Médio. Nas décadas seguintes, a modernização continuou. Uma das prioridades foi melhorar as características ambientais do combustível e reduzir o teor de enxofre nos derivados de petróleo.