Savaşın sona ermesinin ardından şehrin ve petrol rafineri kompleksinin kademeli olarak yeniden inşası başladı. Ancak Abadan'ın eski rolünü geri kazanması kolay olmadı. Petrol altyapısının yeniden inşası tamamlandığında, bazı işlevler ülkenin diğer enerji merkezleri arasında yeniden dağıtılmıştı. Şehrin ekonomik önemi azaldı ve onu büyük bir ticaret ve sanayi merkezi olarak canlandırma girişimleri ciddi zorluklarla karşılaştı.

Üç aşamaya ayrılan Abadan Rafinerisi yeniden inşa projesinin koordinasyonu devlet şirketi NIOC tarafından yürütüldü. Süreç uzun yıllara yayıldı. İlk aşamada, temel altyapının yeniden inşasına odaklanıldı: yıkılmış yapıların temizlenmesi, boru hatlarının onarımı, enerji tedarik sistemlerinin yeniden inşası ve liman tesislerinin rehabilitasyonu. Bu görevler çözülmeden, petrol rafinasyonunun kısmen bile yeniden başlaması mümkün değildi. Aynı zamanda, proses ekipmanlarının durumu değerlendirildi. Birçok kraking, damıtma ve arıtma ünitesi ya yıkılmış ya da ciddi şekilde hasar görmüştü. Ekipmanın bir kısmının tamamen değiştirilmesi gerekti. Uluslararası kısıtlamalar ve yaptırımlar altında İran, alternatif ekipman tedarik yolları aramak veya kendi mühendislik çözümlerini geliştirmek zorunda kaldı. Bu, ulusal petrokimya ve makine imalat sanayisinin gelişimini teşvik etti. Rafinerinin yeniden inşasının ilk aşamasına, fabrikanın Anka kuşu gibi küllerinden yeniden doğduğu 1989 tarihli bir hatıra pulu adanmıştır.

1990'ların başında, ilk restore edilen proses hatları devreye alındı. Fabrikanın üretim kapasitesi kademeli olarak arttı, ancak savaş öncesi seviyeye ulaşması çok uzun zaman aldı. Bu dönemdeki ana hedef, iç pazarın yakıtla beslenmesini sağlamaktı. Nüfus artışı ve ekonomi büyümesi koşullarında İran'ın önemli miktarlarda benzin, dizel yakıt ve diğer petrol ürünlerine ihtiyacı vardı. Bu nedenle Abadan Rafinerisi'nin yeniden inşası sadece ekonomik bir görev olarak değil, aynı zamanda ülkenin enerji güvenliği meselesi olarak da görülüyordu.

Sonraki yıllarda, yeniden inşa çalışmaları kademeli olarak acil onarımdan modernizasyona geçti. Birçok proses ünitesi daha modern olanlarla değiştirildi. Özellikle, atmosferik ve vakumlu damıtma üniteleri, hidro-işleme ve benzin üretim sistemleri yenilendi. Bu değişiklikler yakıt kalitesini iyileştirmeyi ve rafinasyon derinliğini artırmayı mümkün kıldı.

Paralel olarak, Abadan'ın şehir altyapısının yeniden inşası devam etti. Savaş yıllarında nüfusun önemli bir kısmı şehri terk etmiş ve birçok yerleşim bölgesi yıkılmıştı. Sakinlerin geri dönüşü ve normal şehir hayatının yeniden başlaması kademeli olarak gerçekleşti. Petrol rafinerisinin yeniden inşası, bölgenin ekonomik canlanmasında önemli bir rol oynadı, çünkü tesis yeniden büyük bir işveren ve endüstriyel faaliyet merkezi haline geldi.

1990'ların sonunda, Abadan Rafinerisi'nin kapasitesi hala savaş öncesi seviyeye ulaşmamıştı, ancak tesis yeniden Orta Doğu'nun en büyük rafinerilerinden biri haline geldi. Sonraki on yıllarda modernizasyon devam etti. Öncelikli alanlardan biri, yakıtın çevresel özelliklerinin iyileştirilmesi ve petrol ürünlerindeki kükürt içeriğinin azaltılmasıydı.